Органичните и неорганичните пигменти се различават въз основа на техния произход и химични свойства.
Източник: Органичните пигменти се извличат или синтезират от животни, растения, минерали или изкуствено синтезирани органични съединения. Неорганичните пигменти се извличат или синтезират от руди, минерали или синтетични неорганични съединения.
Химични свойства: Молекулите на органичните пигменти обикновено са съставени от сложни структури, съдържащи въглерод, и цветът им се определя от химичната структура на органичното съединение. Молекулите на неорганичните пигменти обикновено са съставени от неорганични елементи, а цветът им се определя от свойствата и структурата на елементите.
Стабилност: Неорганичните пигменти обикновено са по-стабилни от органичните пигменти и са по-устойчиви на светлина, киселина, основи и топлина. Органичните пигменти могат да се разпаднат или да променят цвета си при определени условия. Цветова гама: Поради разликите в тяхната химическа структура, органичните пигменти обикновено имат по-широка цветова гама, което позволява по-живи цветове. Неорганичните пигменти имат сравнително тесен диапазон от цветове. Области на приложение: Органичните пигменти са подходящи за багрила, бои, пластмаси, хартия и други области. Неорганичните пигменти се използват широко в керамиката, стъклото, пигментите, покритията и други области.

Трябва да се отбележи, че както органичните, така и неорганичните пигменти имат своите предимства и характеристики и изборът кой пигмент да се използва зависи от специфичните нужди на приложение и желания ефект.